वाराणसी में गंगा और वरुणा नदी की बाढ़ का असर शिक्षा व्यवस्था पर भी साफ दिख रहा है। सरकारी और प्राइवेट मिलाकर 150 से अधिक स्कूलों में पढ़ाई बाधित हो गई है। चिरईगांव ब्लॉक के तीन प्राथमिक विद्यालय बाढ़ की चपेट में आ चुके हैं, जहां पानी भर जाने के कारण स्कूलों को बंद कर दिया गया है।इसी बीच, जिले के 46 प्राथमिक और माध्यमिक स्कूलों को बाढ़ राहत शिविरों में तब्दील किया गया है, हालांकि इनमें से फिलहाल केवल 20 शिविर सक्रिय हैं। जिन स्कूलों में पढ़ाई संभव नहीं है, वहां ऑनलाइन कक्षाएं संचालित करने के निर्देश दिए गए हैं।शहर से लेकर ग्रामीण क्षेत्रों तक लगभग 105 स्कूलों में बाढ़ और बारिश के कारण नियमित शिक्षण कार्य बाधित हुआ है। प्रशासन ने 5 और 6 अगस्त को जिले के सभी स्कूल बंद रखने का आदेश दिया था। दो दिन बाद स्कूलों को दोबारा खोल दिया गया, लेकिन छात्रों की उपस्थिति औसत से काफी कम रही।
फिलहाल वाराणसी में लगभग 7,000 परिवार बाढ़ के कारण अपना घर छोड़कर सुरक्षित स्थानों पर शरण लिए हुए हैं। इन परिवारों के बच्चों की पढ़ाई भी बुरी तरह प्रभावित हुई है। जिला प्रशासन स्थिति पर नजर बनाए हुए है और शिक्षा विभाग ऑनलाइन माध्यम से पढ़ाई जारी रखने की कोशिश कर रहा है।